陳異暉 院 長：全面負責院行政、業(yè)務(wù)工作,。
郭俊梅 書 記：全面負責院黨建工作。
吳學燦 副院長：分管高原湖泊研究中心,、生態(tài)環(huán)境保護研究中心,、環(huán)境工程設(shè)計研究中心,、固體廢物防治研究中心、學術(shù)委員會,、《環(huán)境科學導刊》,。
李文強 副書記兼紀委書記：協(xié)助院黨委書記工作，負責院紀委工作,，分管院辦公室,、黨委辦公室及老干、工青婦,、統(tǒng)戰(zhàn)工作,。
余艷紅 副院長：分管計劃財務(wù)部、科研發(fā)展與管理部,、環(huán)境規(guī)劃研究中心,、環(huán)境風險防控與應(yīng)急技術(shù)研究中心、環(huán)境經(jīng)濟研究中心,、生態(tài)環(huán)保智庫,。
王 健 副院長：分管土壤環(huán)境保護研究中心、大氣環(huán)境保護研究中心,、低碳技術(shù)研究中心,、環(huán)境分析測試中心、云南省環(huán)境地方標準技術(shù)委員會,、基建辦公室。
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