陳異暉 院 長：全面負(fù)責(zé)院行政,、業(yè)務(wù)工作。
郭俊梅 書 記：全面負(fù)責(zé)院黨建工作,。
吳學(xué)燦 副院長：分管高原湖泊研究中心,、生態(tài)環(huán)境保護(hù)研究中心,、環(huán)境工程設(shè)計研究中心,、固體廢物防治研究中心,、學(xué)術(shù)委員會,、《環(huán)境科學(xué)導(dǎo)刊》,。
李文強(qiáng) 副書記兼紀(jì)委書記：協(xié)助院黨委書記工作,，負(fù)責(zé)院紀(jì)委工作，分管院辦公室,、黨委辦公室及老干,、工青婦、統(tǒng)戰(zhàn)工作,。
余艷紅 副院長：分管計劃財務(wù)部,、科研發(fā)展與管理部、環(huán)境規(guī)劃研究中心,、環(huán)境風(fēng)險防控與應(yīng)急技術(shù)研究中心,、環(huán)境經(jīng)濟(jì)研究中心、生態(tài)環(huán)保智庫,。
王 健 副院長：分管土壤環(huán)境保護(hù)研究中心,、大氣環(huán)境保護(hù)研究中心、低碳技術(shù)研究中心,、環(huán)境分析測試中心,、云南省環(huán)境地方標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)委員會,、基建辦公室。
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