40多年來，院堅持“開放搞建設(shè)、合作謀發(fā)展”戰(zhàn)略，下大力開展與國外、省內(nèi)環(huán)保科研合作，領(lǐng)域涉及高原湖泊、氣候變化、環(huán)境績效評估、企業(yè)環(huán)境管理、生態(tài)環(huán)境保護、戰(zhàn)略環(huán)評、低碳發(fā)展、水資源綜合管理、生物多樣性保護、清潔生產(chǎn)、環(huán)境管理和撫平、城市綜合管理、排污許可等管理等方面。國內(nèi)學(xué)術(shù)機構(gòu)及英國駐華大使館、英國駐重慶總領(lǐng)事館、英國東英吉利大學(xué)、英國紐卡斯?fàn)柎髮W(xué)、世界自然基金會（WWF）、美國能源基金會、亞洲開發(fā)銀行、奧地利環(huán)境培訓(xùn)地與國際咨詢中心等國際知名機構(gòu)以及建立了長期穩(wěn)定的合作協(xié)作關(guān)系，并取得豐碩的成果。
國際合作機構(gòu)
 與德國技術(shù)合作機構(gòu)（GTZ）合作交流 |  國際學(xué)術(shù)交流 |
 荷蘭援助云南清潔生產(chǎn)項目 |  1985年云南省環(huán)境科學(xué)所舉辦中日色譜技術(shù)交流會 |
 與英國東英吉利大學(xué)及復(fù)旦大學(xué)聯(lián)合的丁鋒爾中 心簽署合作 |  與法國駐華使大館科技處參贊座談交流 |
